Sa širokom primjenom fluorokinolona, bakterijska rezistencija i nuspojave također su se pojavljivale jedna za drugom.Novoprodani fluorokinoloni kao što je temafloksacin ukinuti su samo 15 tjedana nakon što su lansirani u UK 1992. zbog nuspojava kao što su alergija, krvarenje i zatajenje bubrega.Stoga nije da što je veća topljivost u mastima i što je poluvijek dulji, to bolje, a farmakokinetiku i kliničke prednosti i nedostatke treba sveobuhvatno razmotriti.